Spock'un ölümünün ardından, Kaptan Kirk ve mürettebatı, Spock'un bedenini Vulkan gezegenine geri getirmek için yola çıkarlar. Ancak Spock'un ruhu, Dr. McCoy'a geçmiştir ve McCoy bu süreçte tuhaf davranışlar sergilemektedir. Kirk, Spock'un geri getirilmesi için bir yol bulmak amacıyla kuralları çiğnemeyi göze alır. Bu süreçte, Klingonlar ve Starfleet arasındaki gerginlikler de artar. Kirk ve ekibi, Spock'un ruhunu geri getirmenin yollarını ararken, Klingonlarla mücadele etmek zorunda kalır. Film, arkadaşlık, fedakarlık ve inanç gibi temaları işler. Kirk'ün Spock'u geri getirme konusundaki kararlılığı, mürettebatın birlikte çalışma ve risk alma yeteneğini yansıtır.
