23. yüzyılda, Amiral James T. Kirk, Yıldız Filosu Akademisi'nde eğitmenlik yapmaktadır ve artık yaşlandığını hissetmektedir. USS Enterprise'ın artık bir eğitim gemisi olarak kullanıldığını öğrenmek, onu daha da yaşlı hissettirir. Ancak bu durum, kendisini genç hissetmesini engellemez. Zira beklenmedik bir tehditle karşı karşıyadırlar Kirk ve mürettebatı için sakin bir öğrenci gezisi düşünülse de 20. yüzyılın sonlarında Dünya tarihindeki ünlü bir düşmanları olan Khan Noonien Singh aniden ortaya çıkar. Khan, yıllar süren sürgününden sonra geri dönmüş ve Ceti Alpha VI gezegeninin patladığını ve beşinci gezegenin yörüngesinin Mars benzeri bir sığınak haline geldiğini öğrenmiştir.
