Kral Harold hastalığının kötüleştiği bir dönemde, tahtın varisi olarak uygun bir kişiyi bulmak Shrek'e düşer. Aksi takdirde, sevdiği bataklıktan ayrılmak zorunda kalacaktır. Bu önemli görevi yerine getirmek için Eşek ve Çizmeli Kedi'yi işe alan Shrek, en uygun varis olarak Fiona'nın asi kuzeni Prens Artie'yi seçer. Ancak bu görev, beklenildiği gibi kolay ve basit olmayacaktır. Diğer tarafta ise Fiona, annesi Kraliçe Lillian ile birlikte, Prens Charming'in kötü adamlar ordusu tarafından tehdit edilen krallıklarını savunmaya kararlıdır. Prens Charming, peri masallarından topladığı kötü karakterlerle Shrek'in yaşadığı şehri ele geçirmeye çalışmaktadır.
