Hikaye, Siyah Giyen Adamlar'ın uluslararası bir versiyonu olan MIB Londra Şubesinde başlar. Bu kez, ajanlarımızın odak noktası, dünya dışı varlıkların temsilcisi ve bir savaşçısı olan Vungus'u korumaktır. Ancak Vungus'un öldürülmesi, MIB ajanlarını büyük bir tehdidin izini sürmeye iter. Bu tehdit, dünya dışı varlıkların dünyayı yok edebilecek bir silahı ele geçirme amacı güden kötü niyetli güçlerden kaynaklanmaktadır. Filmde, deneyimli ajan H ve yeni ajan M iş birliği yaparlar. H ve M, dünya dışı varlıklarla olan ilişkilerini ve tehlikeleri keşfederken, kendilerini bir dizi komik ve tehlikeli maceranın içinde bulurlar. İkilinin karşılaştığı zorluklar, MIB'in dünya dışı tehditlere karşı olan görevini sorgulamalarına neden olur.