Film, 2093 yılında geçmektedir. İnsanlığın kökenini ve Dünya dışı yaşamı araştıran bir grup bilim insanı, uzak bir gezegenin keşfi için yola çıkarlar. Bu gezegenin, insanlığın yaratıcısı veya en azından genetik kökeni ile bağlantılı olabileceğine dair işaretler bulunmaktadır. Bilim insanları, Prometheus adını verdikleri uzay gemisi ile bu uzak gezegene ulaşırlar. Burada, gizemli ve eski bir uygarlığın kalıntıları ile karşılaşırlar. Ancak, bu keşifleri insan ırkının kökenini açığa çıkarırken, onları büyük bir tehlikenin içine sürükler. Gezegende gizlenen ve insana benzeyen yaratıkların varlığı, ekip üyelerini korkunç bir mücadeleye sürükler.
