İkinci Neo Zeon Savaşı’ndan tam on iki yıl sonra, kendilerine “Mafty” adını veren ölümcül bir terör örgütü ortaya çıkmıştır. Dünya Federasyonu’nun planlarını engellemek için ne gerekiyorsa yapmaya hazır olan bu terör örgütünün tek amacı, Dünya’daki herkesin gezegeni terk etmesini sağlamak ve en sonunda Dünya’yı ele geçirebilmektir. Her geçen gün örgütlerine daha da fazla adam toplayan ve destek gören Mafty, amaçlarını gerçekleştirebilmek için gün saymaktadır. Mafty’nin lideri olan Hathaway Noa ise her ne kadar istemese de federasyon pilotu olan babası Bright Noa ile karşı karşıya gelecektir.