Film, Darlington kasabasının altındaki labirent benzeri tünellerde yaşayan, karton kutu kıyafetleriyle tanınan ve "kutu cüceleri" olarak adlandırılan yaratıkların hikayesini anlatır. Bu yaratıklar, geceleyin yüzeye çıkarak kasabanın atıklarını toplarlar. Ancak kasaba halkı, kutu cücelerini canavarlar olarak görmekte ve onlardan korkmaktadır. Kasabanın gerçek kötüleri ise Archibald Snatcher ve onun yardımcılarıdır. Snatcher, kutu cücelerini avlamak ve kasabanın yönetiminde yer almak istemektedir. Ancak, Snatcher'ın gerçek amacı, üst sınıftan biri olmak ve zararlı bir gıda maddesi olan "fine cheese"i yiyebilmektir. Hikaye, genç bir yetim çocuk olan Eggs ile kutu cücelerinin lideri Fish arasındaki bağı konu alır.
