Artık genç bir adam haline gelen Harry, Hogwarts’a yeniden dönüyor olsa da artık her şeyin büyük bir tehdit olabileceğinin farkındadır. Harry’nin üzerinde “bu kitap Melez Prens’e aittir” yazan bir kitap bulması, içinde farklı farklı sihirler bulunan bu kitabın gizemli sahibinin kim olduğunu bulmaya çalışmasına neden olacaktır. Harry’nin Voldermot ile olan mücadelesinde, bilge büyücü Dumbledore’un onun yanında olması ona ne kadar yardımcı olsa da, Harry ve arkadaşları için savaş çanları çalmaktadır. Gün geçtikçe Voldemort’un Muggle ve büyücüler dünyasındaki tehditleri artmakta ve Hogwarts güvenli bir yer olmaktan çıkmaktadır. Harry, bir yandan okulun içindeki karanlık yoldaşları defetmeye çalışırken, Dumbledore ise onu bir sonun beklediğinin farkındadır.
