Birçok gemi okyanusa gittiği seferden geri dönmüyor. 1800 yılların son çeyreğinde yaşanan bu tuhaf gelişmeyi takip eden ABD yetkilileri konuyu çözmek için çalışmalar başlatıyor. Bu kötü hadise birileri tarafından mı yapılmıştır? Bu sorunun cevabını bulmak için ilk iş, içinde Profesör Pierre Arronax’ ın da bulunduğu donanımlı bir ekiple okyanusun derinliklerine araştırma görevlilerini göndermek olacaktır. Ancak onların bulunduğu gemi de batmış neyse ki profesör yardımcısı ve birde denizci sağ salim kurtarılmıştır. Onları kurtaran denizaltı Nautilus’tur. Tam teçhizatlı araç gereçlerin haricinde teknolojik üstünlüğüyle de bilinen bu denizaltının bir de ilginç bir kaptanı vardır ve adı Nemo’ dur. Nemo bu olayı aydınlatmakla ilgili yapacağı çalışmaları, planlarını, izleyeceği yolu profesör ile konuşmaktadır. Çözülmesi beklenen bu büyük hadise daha çok dilden dile konuşulacağa benzemektedir.
